(d.370 - ö.415)

İkinci Kilise, İmparator II. Theodosios (408-450) tarafından 415 yılında yeniden inşa ettirilmiştir.

Bu yapının, beş nefli, ahşap çatı ile örtülü ve anıtsal bir girişe sahip bazilikal planda olduğu bilinmektedir. Kilise, İmparator Justinianos'un (527–565) 5. saltanat yılında, aristokrat kesimi temsil eden maviler ile esnaf ve tüccar kesimi temsil eden yeşillerin İmparatorluğa karşı birleşmesi sonucunda çıkan ve tarihte "Nika İsyanı" olarak geçen, büyük halk ayaklanması sırasında 13 Ocak 532 yılında yıkılmıştır.

1935 yılında İstanbul Alman Arkeoloji Enstitüsü'nün A. M. Scheinder başkanlığında yapılan kazılarda, bugünkü zeminin yaklaşık 2.00 m altında görülebilen II. yapının Propylon'una (anıtsal giriş kapısı) ait basamaklar, sütun kaideleri ve On İki Havari'yi temsil eden kuzu kabartmaları ile süslü friz parçaları bulunmuştur. Ayrıca anıtsal girişe ait diğer mimari parçalar ise batı kısımdaki bahçede görülebilmektedir.